무허가 축사를 보유한 자가 이를 적법화하려면 올 3월 24일까지 지자체에 처리시설 설치내역서와 도면 등 배출시설 허가(신고) 신청서를 우선 제출하고, 올 6월 24일까지 적법화 이행계획서를 제출해야 한다. 
환경부·농림축산식품부·국토교통부는 무허가 축사 적법화 의지가 있는 농가에 한해 보완·이행기간 부여를 내용으로 하는 ‘무허가 축사 적법화 이행시간 운영지침’을 2월 22일 발표했다. 올 3월 24일까지 ‘가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률(이하 가축분뇨법)’상 배출시설 허가 또는 신고를 완료해야 하는 축산 농가에게 적법화를 위한 이행기간을 부여하는 것을 골자로 한다. 건축사협회는 작년 7월 정부와 함께 ‘축사 개선을 위한 중앙상담반 발대식 및 워크숍’을 갖고 무허가 축사의 적법화에 박차를 가하기로 한 바 있다. 축사 설계 개선 관련 중앙상담을 비롯해 관련 교육 및 홍보를 지원하며, 건축사와 축산관련단체협의회 및 농협 관계자로 구성된 124개 중앙상담반이 전국 축산 농가에 편성돼 적법화 절차와 비용(이행강제금, 건축비) 등을 상담하고 있다.

정부는 2013년 2월 ‘무허가축사 개선대책’을 발표하고 가축분뇨법(2015년 3월 24일 시행)을 개정해 무허가 축사에 대한 사용중지와 폐쇄명령을 내용으로 하는 행정처분을 도입했다. 개정 가축분뇨법에 따라 무허가축사는 ▲ 대규모 축사(대상농가는 사육규모 소 500㎡이상<71두>, 돼지 600㎡이상<760두>, 닭·오리 1,000㎡<20천수>이상)는 ’18.3.24까지 ▲ 중규모 축사는 ’19.3.24까지 ▲ 소규모 축사는 ’24.3.24까지 적법화를 완료해야 한다. 대규모 축산농가와 가축사육제한거리내 농가는 올 3월 24일로 유예기간이 종료된다. 
지자체는 제출된 적법화 이행계획서를 평가해 농가별로 적법화에 필요한 이행기간을 6월 25일부터 1년까지 부여하고, 축산농가가 적법화 이행과정에서 침범한 국공유지 매입 등에 시간이 추가 필요한 경우 등에 기간을 추가 부여할 수 있게 했다.

배출시설 허가(신고) 신청서는 시·군·환경부서에 제출하며, 단 건축설계가 완료되지 않은 경우에는 첨부서류 중 설계 관련 설치내역서, 도면, 배치도 등을 추후 제출할 수 있다.